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Patriote
De 1801 à 1805, il commande l'escadron méditérranéen pendant la guerre contre Triploli (premiére guerre de Barbarie, afrique du nord)
Guerre de 1812
En 1813 il soutient l'attaque de Henry Dearborn sur York, puis transporte son armée lors de l'attaque du fort George.
À son retour à Sackett's Harbor, Chauncey vit que sa base avait été attaquée par James Yeo, son adversaire britannique, avec l’aide de la garnison de Kingston. Yeo avait également nuit aux opérations de soutien à l'armée américaine de la péninsule de Niagara en capturant les bateaux de ravitaillement de Chauncey à Forty Mile Creek.
Tout le reste de l'année, Chauncey et Yeo tournèrent l'un autour de l'autre sur le lac Ontario. Chacun des deux semblait attendre l'occasion parfaite avant de frapper. Mais, celle-ci ne vint jamais.
La flotte de Yeo était la plus petite des deux. Elle était armée de canons à courte portée, alors que la flotte de Chauncey possédait surtout des canons à longue portée. Les deux commodores jouaient au chat et à la souris. Comme l'a dit James L. Mooney : "Les commandants en chef souffraient tous deux d'une maladie très commune dans la marine : ils craignaient la défaite plus qu'ils ne désiraient la victoire."
Par deux fois, en août 1813, Yeo eut le dessus sur Chauncey. Puis, en septembre, Chauncey parvint à acculer la flotte de Yeo dans la baie de Burlington. Mais, prétextant qu'il ne connaissait pas la profondeur des eaux de la baie, il n'attaqua pas et laissa l'adversaire s'échapper.
En 1814,
Après ce moment fort, Chauncey se concentra sur la construction de meilleurs et plus gros navires. Quand le Sénat ratifia le traité de Gand, en février 1815, il avait encore un navire en chantier. Sous Chauncey, Sackett's Harbor était devenue la plus grosse base navale aux États-Unis, et on y construisait plus de navires que dans tout autre chantier naval américain.